Доля Любеча в ХІІІ столітті не відома.
     У ХІУ – ХУІ століттях Любеч входив до складу великого князівства Литовського і зберігав значення князівського замку як центр Любецького повіту Київської землi.

 

   1654 року Любеч разом із всім правобережжям остаточно увійшов до складу Московського царства та адміністративно складав 6-ту Любецьку сотню Чернігівського козацького полку аж до 1786 року, коли було введено Чернігівське намісництво.

 

У місті тоді було сотенне правління, але після всіх війн та розорень нараховувалося лише 204 двори. Населення Любеча брало активну участь у визвольній війні українського народу 1648 – 1654 рр.

    

     Козаки Любецької сотні (близько 2000 шабель) у лавах війська Богдана Хмельницького брали участь у славнозвісній Пилявській битві у вересні 1648 р. та у битві 1651 р. з військами Литовського гетьмана Радзівілла. 

     В середині ХІІІ століття був зруйнований Антоніївський монастир, а в кінці ХУІІ століття відновлений ченцями Іоною та Інокентієм.

 

 

     Інокентій (в миру Іван Щирський) – діяч культури, поет, гравер – тривалий час був ігуменом цього монастиря.

     Він також є автором ікони Любецької Богоматері, чудотворний образ якої з давніх часів вважається особливою святинею міста.
     При Любецькій сотенній канцелярії діяла козацька школа для дітей, де навчали письму та військовій справі.


     З документів того часу відоме прізвище любецького вчителя Івана Мельника.